UBAYA adalah kelanjutan dari Universitas Trisakti Surabaya. Universitas Trisakti Surabaya dibentuk oleh Yayasan Universitas Trisakti Surabaya yang didirikan oleh tokoh-tokoh masyarakat, pendidik, pengusaha dan pemerintah, atas perintah Pepelrada (Penguasa Pelaksana Perang Daerah) Jawa Timur untuk menampung para mahasiswa dan dosen serta karyawan eks Universitas Res Publica Surabaya, setelah dilakukan screening dan clearance.

Tanggal 6 Maret 1968 nama Universitas Trisakti diganti menjadi UNIVERSITAS SURABAYA dengan memiliki 3 fakultas, yaitu fakultas farmasi, fakultas hukum dan fakultas ekonomi.

Pada akhir tahun 1992 UBAYA ditunjuk oleh pemerintah untuk menyelenggarakan Program Magister Manajemen dan Magister Hukum melalui Program Pascasarjananya. UBAYA bersama tiga PTS terkemuka di Jakarta merupakan empat perguruan tinggi swasta pertama di Indonesia yang mendapat kepercayaan tersebut.